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Die unterschiedlichen Lagen des Kellergeschosses und der B-Ebene haben historischen Ursprung. Beim Bau des Hauptbahnhof im Jahr 1880 wurde das komplette Bahnhofsgebäude unterkellert. Zwischen Erdgeschoss und Keller befindet sich nur die Kellerdecke. Die Straße wurde allerdings nicht direkt auf die B-Ebene gelegt, sondern die Lücke dazwischen noch mit Erdreich verfüllt bzw. eine Tragschicht erstellt. Dies soll verhindern, dass sich die Vibrationen von den Autos und Straßenbahnen auf den B-Ebene Komplex übertragen. Um aber eine vernünftige Raumhöhe zu erhalten, musste die Bodenplatte der B-Ebene tiefer als die Bodenplatte des Kellergeschosses angelegt werden. Das beim Bau der S-Bahn unterhalb des Querbahnsteigs neugebaute Kellergeschoss wurde in der Lage so wie vor dem S-Bahnbau wiederhergestellt, um innerhalb des Kellergeschosses keine Rampen und Stufen zu haben.
Beim nun geplanten Umbau werden das Kellergeschoss unterhalb der Haupthalle, des Nordflügels und dem Querbahnsteigs entkernt, bleibt allerdings in der Lage und Ausdehnung unverändert. Daher wird auch nicht viel gegraben. Allerdings wird der Nordflügel vom Dachgeschoss bis zum Keller vollständig entkernt und neu aufgebaut.
Aktuell sind drei bzw. vier neue Aufzüge geplant. Einer am Abgang zur Toilettenanlage, nach dem Umbau gleichzeitig Eingang zum Gang unter dem Querbahnsteig. Auf dem Bahnhofsvorplatz (dort wird der vorhandene Aufzug umgebaut und für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht), ein Aufzug wird im Kaisersack errichtet und einer innerhalb des Nordflügels.



