Ich gehe vom direkt durchfahrenden ICE aus, ein Umsteigen in Berlin wäre nochmal 10-15 Minuten dazu. Die 60 Minuten kommen davon, dass der ICE im ungünstigsten Fall gerade dann ankommt, wenn der Jet sein Gate schließt.
Aber genau das kann Dir beim Umsteigen auch passieren. Ich bin häufiger mal in München umgestiegen. Was habe ich da schon gesessen und auf Anschlüsse gewartet (bei Langstrecken oft auch mehr als 1 h), weil Dir eine Verbindung mit reichlich Puffer verkauft wurde. (Zum Glück hat das T2 mit gratis Zeitungen und Kaffee eine hohe Aufenthaltsqualität).
Da solltest Du mal einen Blick in den Flugplan werfen. Es fliegen mehr Flugzeuge von HH nach M, als ICE nach Berlin.
Mag ja alles sein. Aus oben genannten Gründen bringt das aber nicht allzu viel. Solltest Du übrigens nur nur von Stadt zu Stadt wollen, sitzt Du in Berlin schon lange im Café, während Du in München noch in der S-Bahn Richtung Innenstadt gondelst.
Sollte sich daran in 2 Jahren was entscheidendes ändern?
Hhm. Lass mal überlegen: Da macht ein neuer Flughafen auf, dessen Anbindung an die Stadt und das Bahnnetz noch nicht festgelegt sind. Es ist noch nicht einmal 100% klar, welche Züge auf welchen Strecken zum Flughafen fahren werden. (Fertigstellungstermine, Streckenauslastungen, Fahrpläne, Streckenbestellungen etc.) Also: Sollte sich in 2 Jahren etwas ändern? 
Die Lufthansa ist Miteigentümer in München.
So what?
Frankfurt ist per Vertrag Homebase der Lufthansa, LH hat ein Terminal für sich und seine Partner, das auch noch erweitert wird, ein separates First-Class-Terminal und sein Luftfracht-Hub. Alle A380 werden da stationiert, last but not least ist es immer noch das größte Hub der LH und eines der größten in Europa.
Ferner steht München innerhalb der LH auch in Wettbewerb zu den nahen Hubs in Wien und Zürich.
Ist das eine verlässliche Grundlage?
Nö. s.o.
Außerdem wird München mittelfristig über eine dritte Piste verfügen, die vollen Parallelbetrieb erlaubt und dann wieder mehr Flugbewegungen erlauben als in Frankfurt mit seinen 4 Bahnen.
Bleibt abzuwarten, ob die wirklich kommt geschweigedenn was die Flugbewegungen für die tatsächliche Paxe Entwicklung bedeutet.
Also, nix für ungut, ich will mich über sowas eigentlich nicht streiten. Insbesondere, wenns um (Zukunfts-)Spekulationen geht. Ich denke, man sollte die Dinge dabei einfach mal ein bisschen differenzierter betrachten. 