Das ist natürlich eine eher schwierige Frage!
Ich kann höchstens sagen, welches mir am besten gefällt. Allein die Zusammenstellung der Liste ist schon ein Thema für sich!
Ich vermisse vor allen Dingen die Michaelskirche in München und irgendwelche Beispiele aus der Spätgotik (St. Lorenz in Nürnberg, Annenkirche in Annaberg-Buchholz usw.)
Hast du gerade wirklich einen über zehn Jahre Thread reaktiviert?
Naja, ist doch ganz witzig. So erinner ich mich jetzt an meine Abstimmung für den Kölner/Aachener Dom und die Dresdner Frauenkirche. Heute würde ich vielleicht nur noch für den Aachener Dom stimmen. Die Liste ist natürlich total unvollständig und ungenau (Wittenberger Kirche??). Alleine die bedeutendsten Kirchen der Neuen Länder (Naumburger Dom und Magdeburger Dom) fehlen, dazu glänzt auch die Backsteingotik durch Abwesenheit, nunja...
Sorry, natürlich als Ulmer muss ich hier unsere Kirch verteidigen, und die Höhe darf auch nicht vergessen werden ! 
Ich finde, das Freiburger Münster wirkt sehr grazil und transparent und von den Proportionen am gelungensten, auch wenn es keine Höhen- oder Massenrekorde erzielt. Zumal ist die Umgebungswirkung mit dem Marktplatz und den grünen Schwarzwaldhüglen im Hintergrund grandios.
Aus kunstgeschichtlicher Sicht eine Katastrophe. Haufenweise Epigonen, aber kaum Archetypen, es fehlen spontan u. a. die Elisabethkirche Marburg (!!), der Halberstädter Dom und die dortige Liebfrauenkirche, der Limburger Dom, der Magdeburger Dom (!!!), der Lübecker Dom (!!) und St. Michael in Hildesheim und wo wir gerade in der Ecke sind die Stiftskirche von Gernrode (wahrscheinlich der am authentischsten überkommene Kirchenbau dieser Zeit in Deutschland); wahrscheinlich habe ich selbst da noch die Hälfte vergessen. Vom Kirchenbau des Barock noch gar nicht angefangen.
Der Kölner Dom ist so originell wie das 10. Remake von Super Mario.
Für mich ist das Freiburger Münster auch ein Highlight und zwar wegen dem "Hinternentblößer". Dieser wurde (neben Arbeitsniederlegungen) von den Steinmetzen/Bauarbeitern als Protest wegen unterbliebener Lohnzahlungen geschaffen.
Überraschend wurde dieser Wasserspeier erst nach weitestgehender Fertigstellung des Kirchenbaus von den klerikalen Bauherren erkannt. Noch überraschender ist die Tatsache, dass dieser Wasserspeier nicht ernfernt und durch einen anderen ersetzt wurde ... zeigt doch, dass es unter den Kirchenherren damals wohl nicht ganz so streng zu ging und die Bauherren durchaus einen gewissen Humor hatten.
Übrigens: Bei allen anderen Wasserspeiern fließt das Wasser aus den Mäulern heraus.
Nicht nur der "Hinternentblößer" - bei den Wasserspeiern am Freiburger Münster waren die Erschaffer generell sehr kreativ, die mal näher zu besichtigen lohnt sich auf jeden Fall. Vielleicht war die späte Erkennung durch die Bauherren aber auch ein Vorteil - wer weiß, ob sie sonst so begeistert gewesen wären.
Durfte zwar leider noch nicht jedes dieser Bauwerke selbst begutachten, allerdings bin ich mit dem Ulmer Münster aufgewachsen und bin daher auch heute absolut überzeugt davon.
